1月4日，环植所参与荔枝基因组研究取得重要进展，研究成果以“Two divergent haplotypes from a highly heterozygous lychee genome suggest independent domestication events for early and late-maturing cultivars”为题在《Nature Genetics》（自然-遗传学）上发表。该研究初步揭示了荔枝基因组奥秘，为荔枝功能基因组研究和新品种选育提供了重要参考，是近年来荔枝生物学研究中的突破性进展。
中国是荔枝（Litchi chinensis Sonn.）的原产国，其栽培历史可以追溯到2000多年前，但控制荔枝表型多样性的遗传密码研究几千年来未有重要进展。该研究以荔枝主栽品种‘妃子笑’为材料，通过最新的测序与组装技术，将‘妃子笑’基因组组装了15条假染色体，基因组大小约为470 M。‘妃子笑’基因组高度杂合（杂合度约为2.27%），使其基因组组装成为两个相对独立的单倍型，13000多个等位基因在不同组织中发生了差异表达。基于基因组重测序数据的进化分析发现，野生荔枝起源于中国西南部的云南，向东和向南传播到广西、广东、海南，后因地质运动，海南与大陆分离，在海南与云南独立驯化出晚熟和极早熟荔枝类型，其基因分别主要分布于‘妃子笑’基因组的两个单倍型。早熟荔枝类型可能源于云南极早熟与海南晚熟荔枝的杂交。该文还初步揭示了决定荔枝开花时间、成熟期等荔枝重要性状的候选基因。
环植所是该项研究的第三参与单位，王家保研究员为该论文的共同第一作者。全文链接为：https://www.nature.com/articles/s41588-021-00971-3。
图1 重测序荔枝品种的群体分析
