农业微生物菌种资源是国家重要生物资源之一，是农业病害研究与生物防控、农业微生物科学研究、农业微生物产业及农业生物技术产业持续发展的基础，是各种生物制剂研究和开发的宝贵材料，其在作物病虫害防治、土壤肥料、医学、饲料加工等领域具有广阔的应用前景。我国热带微生物研究领域基础相对薄弱，技术水平较低，其关键问题在于缺乏对热带微生物的菌种进行系统收集整合，缺乏菌种实物材料贮备。系统采集和保藏我国热带农业微生物菌种，构建热带农业微生物菌种资源库，将为我国的热带农业微生物研究，尤其是在特殊用途的菌株筛选、植物病虫害生物防治制剂的研发以及微生物的分类、育种、遗传学、分子生物学研究等方面，奠定实物材料基础。同时，也是科研院所进行人才培养、科学研究和社会服务的需要。目前该库拥有菌株近1万余株，其中包括热带作物其他重要病害病原菌、芽孢杆菌、放线菌、木霉菌、绿僵菌、拟青霉、大型真菌、环境修复类微生物、肥效微生物等菌株。下一步，拟在本单位前期工作的基础上，参照《微生物菌种资源描述规范和数据标准》，梳理、 完成本单位中保存的微生物菌种资源的性状描述，按照国家热带农业科学研究一流技术水平的标准建设，并完善国内外先进的设施和仪器设备的配置，推进农业微生物菌种资源物联网系统的建设，为各级政府、高校、科研院所和相关企业了解资源、使用资源提供条件，逐步形成以海南为中心，辐射华南地区乃至全国的农业微生物资源收集、保存、鉴定、创新与利用基地。
